原《合同法》第九十八条及《民法典》第五百六十七条均规定，合同的权利义务终止，不影响合同中结算和清理条款的效力。在涉合同无效争议的案件中，当事人一方主张合同无效但结算清理条款有效并据此主张权利，通常援引上述条款。

有些案例中，当事人为了论证结算清理条款的独立性，援引原《合同法》第五十七条或《民法典》第五百零七条关于“合同无效、被撤销或者终止的/合同不生效、无效、被撤销或者终止的,不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力”的规定，属张冠李戴，因为该条款针对的是“有关解决争议方法”，而非结算清理。

从表现形式上，司法实践中，结算清理条款通常并不约定在原合同中，而是由双方在全部或部分履行原合同后，另行以结算协议、结算书、补充协议等形式签订。在建设工程施工合同、房屋租赁合同、农村宅基地房屋买卖合同、农村合作建房合同等合同无效事由高发的争议类型中，双方全部或部分履行原合同后另行订立结算清理条款较为常见。

在效力认定上，在原合同出现无效事由的情况下，法院以往判例大多都会认定该等结算清理条款有效。但认定有效的论述理由有所不同。

由于建设工程司法解释(现《民法典》第七百九十三条)规定，建设工程施工合同无效，但建设工程验收合格，可以参照合同约定支付/折价补偿工程价款；房屋租赁司法解释规定，房屋租赁合同无效,可以参照合同约定的租金标准支付房屋占有使用费。故在建设工程施工合同、房屋租赁合同纠纷中，在原合同无效且双方另行签署结算协议的情况下，法院通常无须从结算清理条款效力的角度去论述双方结算协议的效力，而是直接援引上述规定，认定双方结算协议合法有效。而在农村宅基地房屋买卖合同、农村合作建房合同纠纷中，由于法律及司法解释并无作出特殊规定，故在原合同无效且双方另行签署结算协议的情况下，法院一般根据原《合同法》或《民法典》关于结算清理条款效力的规定，论述结算协议的合法性。

司法实践中，若原合同有效，双方对结算清理条款的效力通常不会存在争议。结算清理条款的效力争议，更多出现在原合同无效的情形下。也就是说，前述原《合同法》及《民法典》关于“合同的权利义务终止，不影响合同中结算和清理条款的效力”的条款，在无效合同的争议中更有现实意义。但问题在于，从体系解释和文义解释的角度，该条款适用的前提是合同有效，合同无效的情况下无适用的余地。因此，在实践中就此有两种迥然相反的裁判观点。鉴于在以往司法实践中，认定合同无效但结算清理条款有效的案例不胜枚举，故本文仅列举持否定意见的如下案例：

在最高人民法院(下称“最高院”)(2020)最高法民申331号案中，最高院认为：“《中华人民共和国合同法》第九十八条关于“合同的权利义务终止,不影响合同中结算和清理条款的效力”的规定,并不涵盖合同无效情形。朱华云关于该《工程施工补充协议》虽无效但其中清算条款有效的主张,没有法律依据”。

在最高院(2018)最高法民终169号案中，最高院认为：“一审判决适用《合同法》第九十八条关于“合同的权利义务终止,不影响合同中结算和清理条款的效力”的规定认定《补充协议》有效不妥。一方面,合同的权利义务终止应指在合同有效的前提下,依据《合同法》的九十一条及其他相关规定终止权利义务,不再履行合同。而当合同无效时,合同自始欠缺生效要件,自始没有法律约束力,不存在合同权利义务终止的前提。因此,一审判决在认定《总承包协议》无效的情况下,适用合同权利义务终止的法律规定显属不当”。

在辽宁省高级人民法院(2021)辽民终1359号案中，该院认为：“合同的权利义务终止，指依法生效的合同，因具备法定情形和当事人约定的情形，合同债权、债务归于消灭，债权人不再享有合同权利，债务人也不必再履行合同义务。清理结算条款的独立性仅仅适用于有效合同，案涉合同无效，其结算和清理条款亦无效，航五公司主张与航顺公司之间的结算适用案涉合同的结算条款的抗辩理由不能成立”。

由此可见，以往认为无效合同中的结算清理条款具有独立性，合法有效的观点，在现实中遇到了挑战。